L’hôtel est logé dans un ancien couvent de Sant’Elena, à l’extrémité Est de l’île de Venise, bien en retrait de la foule de la place Saint-Marc. Ce quartier tire son nom d’une ancienne légende narrant comment les restes de la Sainte furent ramenés de Constantinople puis enterrés dans la chapelle construite par les Augustiniens en 1028. En 1400, les Augustiniens étaient remplacés par les sœurs Bénédictines, qui allaient construire le couvent et l’église actuels en 1439.
Le complexe religieux fut désacralisé en 1810 et utilisé à des fins militaires durant plus d'un siècle. Restitué à l'église en 1930, le couvent était ensuite géré par les sœurs Servantes de Marie comme établissement scolaire privé avant de devenir un lieu d'hébergement destiné aux croyants et pèlerins en route vers Venise.
En 1999, les sœurs décidaient de quitter l'édifice, et des travaux de restauration prolongés aboutirent ensuite à la création de l'Hotel Indigo Venice - Sant’Elena. L'histoire particulière et la personnalité de l'édifice ont toutefois été préservées ainsi que sa façade, les arcades intérieures et le jardin, ancien cloître du couvent.
